В одном из роликов, который можно увидеть на в YouTube, на изображение Илии II наложен голос имитатора с использованием нецензурной лексики и оскорблениями в адрес президента Грузии Михаила Саакашвили. Только через пять дней общественность отреагировала, а оппозиционный телеканал Kavkasia TV показал некоторые фрагменты и обвинил режим в организации клеветнической кампании, направленной на дискредитацию Патриарха. С этого момента в грузинском обществе началась дискуссия: одни выступают в поддержку главы Церкви, другие называют его скрытым противником президента, третьи считают его слишком современным, слишком декадентским, слишком прозадпадным.
В середине октября 2009 года, на встрече с учителями, Илия II выразил мнение о том, что войны с Россией в августе 2008 года можно было избежать. "Когда корабль идет по морю, его командир, капитан, должен знать, где находятся рифы, чтобы не натолкнуться на них. Мы оказались тогда и оказываемся сейчас перед стеной, в которую мы бьемся головой". Иными словами, капитан, Михаил Саакашвили, посадил на рифы собственную страну.
По мнению оппозиции, отмечает автор статьи в Le Mond, именно эти высказывания стали поводом для кампании дискредитации Патриарха. Одной из ее участниц стала аналитик Теа Тутберидзе, которая возглавляет неправительственную организацию "Институт свободы". Она сочла, что высказывания Патриарха направлены против грузинского государства, а также выложила анонимные видео на своей странице в Facebook.
Между тем грузинская общественность выступила в защиту Илии II. Администрации президента, со своей стороны, пришлось издать коммюнике, в котором выражается сожаление по поводу нападок на Церковь. А министерство внутренних дел объявило о том, что были выявлены авторы оскорбительных видео: ими оказались преподаватель и студент. Против них начато расследование. Но и оно спровоцировало критику со стороны защитников свободы слова: по их мнению, у правоохранительных органов нет никаких юридических оснований для уголовного преследования создателей видеороликов.
